I begyndelsen af 80′ erne viste der sig et nyt behov for at genåbne friskolen, og en kreds af forældre i nært samarbejde med ungdomsskolen arbejdede hårdt for at gøre dette til en realitet. D. 8. august 1984 begyndte friskolen med 21 elever, og navnet blev ligeledes til Mellerup Fri- og Efterskole. Sådan har navnet lydt indtil april 2015, hvor der blev udvidet med en Naturbørnehave, oprindeligt åbnet i Yggdrasil, en barak liggende på friskolens matrikel… Navnet er i dag Mellerup Naturbørnehus, Fri- & Efterskole.
Det pædagogiske ansvar for hele institutionen Mellerup Fri- og Efterskole var i årene 1984-1990 placeret hos Jens Aagaard, mens den daglige ledelse af friskolen påhvilede Ellen Jensen.
I 1990 blev Mellerup Fri- og Efterskole adskilt på det pædagogiske plan, og Lisbeth Østergaard blev ansat som leder for friskoleafdelingen; en post, som hun bestred indtil 2007.
Fra 2007 og indtil 2011 var Ole Bjerring leder for friskolen, hvorefter Bjarke Houmann tog over indtil 2016 hvor Else Kaag blev friskoleleder.
Mellerup Friskole har i 2017 120 elever fordelt på 0-8 klassetrin. I foråret 2018 blev det beslutttet, at Mellerup Friskole fremover tilbyder undervisning til og med 9.kl.
I 2018 besluttedes det, pga en stor søgning til børnehavetilbuddet samt pladsmangel, at påbegynde byggeriet “Mellerup Naturbørnehus”. Byggeriet, der er placeret på toppen af bakken ovenfor multibanen og overfor efterskolen, stod færdigt i august 2019. Her er plads til 12 vuggestuebørn, 45 børnehavebørn og 50 fritidsordningsbørn. Børnehusets leder er Helle Smith, der har været med siden 2016.