I starten af 2015 etableredes Mellerup Naturbørnehave, i den lille barak “Yggdrasil”, der oprindelig var tiltænkt som supplerende klasselokaler, lige ved siden af friskolen. Børnehaven startede med 7 børn, der dog hurtigt blev til 18, og i sommeren 2016 blev Friskolens fritidsordning slået ledelsesmæssigt sammen med børnehaven, og så dermed dagens lys som en Naturfritidsordning.
Børnehaven øgede, henover det følgende år, børnetallet til først 22, så 26 og til sidst 30, hvorefter bestyrelsen i 2018 besluttede, at udskifte de primitive rammer og påbegynde byggeriet “Mellerup Naturbørnehus”, hvor også en vuggestue-gruppe blev indtænkt.
Byggeriet af de 3 sammenhængende træhuse, der hver især husede en afdeling, stod færdigt sommeren 2019 og åbnede for børn d. 5/8.
Naturbørnehuset havde på dette tidspunkt plads til 12 vuggestuebørn, 45 børnehavebørn og 50 fritidsordningsbørn, og allerede fra sommeren 2020 var det fyldt med børn i alderen 0-11 år og deres engagerede og glade voksne.
I forbindelse med muligheden for at tilbageføre fritidsordningen til friskolen i august 2022, skabtes grundlag for at skabe plads til yderligere en vuggestue-gruppe samt at øge antallet af børn i børnehaven med 5, således at børnehuset fra januar 2023 kunne tilbyde plads til 24 vuggestuebørn samt 50 børnehavebørn.
Naturbørnehuset har en grundlæggende pædagogik, der baseres på naturvidenskab og naturforståelse. Dyrehold og dyrkning af spiselige og duftende planter går hånd i hånd med organisationens værdier, hvoraf fællesskab, rummelighed og plads til alle uanset forudsætninger, danner udgangspunkt for alt det pædagogiske arbejde.